Kỹ thuật phòng sạch (cleanroom) là một ngành kỹ thuật mới, ra đời do yêu cầu của việc nghiên cứu thực nghiệm và gia công sản phẩm đòi hỏi ngày càng chính xác, tinh vi hơn, chất lượng cao hơn và đáng tin cậy hơn.
Cụm từ và khái niệm kỹ thuật phòng sạch có nguồn gốc từ y học châu Âu từ thập kỷ 60 của thế kỷ 18. Ý nghĩa của cụm từ này khi đó mới chỉ là môi trường làm việc đã được xử lý diệt khuẩn bằng việc phun cồn nhằm hạn chế tỷ lệ truyền nhiễm trong phòng phẫu thuật, phòng y tế.
Hiện nay cụm từ phòng sạch tuy có thể thay thế cho danh từ này, nhưng về định nghĩa và nội hàm đều có khác biệt căn bản so với khái niệm ban đầu. Phòng sạch hiện đại bao gồm kỹ thuật chuyên môn, dù lịch sử của nó mới chỉ có nửa thế kỷ.
Sự ra đời và phát triển của mọi ngành kỹ thuật đều xuất phát từ nhu cầu sản xuất, kỹ thuật phòng sạch cũng không phải ngoại lệ. Trong thời kỳ thế chiến thứ 2, nước Mỹ đã sản xuất ra loại máy bay sử dụng con quay hồi chuyển bằng không khí lửng. Nhưng do chất lượng không ổn định, nên cứ mỗi mười con quay hồi chuyển phải làm lại 120 lần. Trong thời kỳ chiến tranh Triều Tiên vào đầu thập kỷ 50, 160 nghìn thiết bị thông tin điện tử của Mỹ đã phải thay trên một triệu linh kiện điện tử. Thời gian ra đa phát sinh sự cố chiếm 84%, ra đa siêu âm chiếm 48%. Nguyên nhân đều là do các linh kiện điện tử thiếu độ tin cậy, chất lượng không ổn định. Phía nhà sản xuất lẫn quân đội đều tập trung tìm kiếm nguyên nhân các sự việc này. Cuối cùng từ nhiều phương diện, họ phán đoán là do môi trường không sạch. Dù khi đó người Mỹ đã không tiếc kinh phí, thực hiện nhiều biện pháp nghiêm ngặt để đóng kín công xưởng sản xuất, nhưng hiệu quả vẫn không đáng kể. Cho đến đầu thập niên 50, Ủy ban năng lượng nguyên tử Mỹ để giải quyết vấn đề bụi phóng xạ ảnh hưởng đến sức khỏe con người, đã nghiên cứu chế tạo thành công bộ lọc khí hiệu suất cao HEPA (High Efficiency Particulate Air Filter) được ứng dụng để lọc gió trong xưởng sản xuất. Đến đây, cụm từ phòng sạch mới mang ý nghĩa của thời hiện đại.
Năm 1961, nhân viên nghiên cứu cao cấp Wills Whitfield thuộc Phòng thí nghiệp quốc gia Sandia đưa ra phương án tổ chức dòng không khí phòng sạch: “Dòng không khí thổi từng lớp” (laminar flow), hiện nay gọi là “Dòng không khí đơn hướng” (unidirectional flow), đồng thời ứng dụng nó trong công trình thực tế. Từ đây, phòng sạch đã đạt đến cấp độ sạch cao nhất từ trước đó. Cũng trong năm 1961, không quân Mỹ lần đầu tiên đã ban bố tiêu chuẩn phòng sạch trên thế giới T0-00-25-203 “Tiêu chuẩn đặc biệt về thiết kế và vận chuyển đối với phòng sạch và bàn làm việc phòng sạch”. Trên cơ sở đó, tháng 12-1963, tiêu chuẩn phòng sạch của Liên bang Mỹ FED-STD-209 được công bố, gồm ba cấp độ sạch. Từ đây kỹ thuật phòng sạch hoàn thiện dần ra đời. Ba bước quan trọng trên đây thường được gọi là ba mốc lớn trong lịch sử phát triển phòng sạch hiện đại.
Giữa thập niên 60 của thế kỷ trước, phòng sạch phát triển mạnh mẽ trong các ngành công nghiệp tại Mỹ. Nó không chỉ được ứng dụng trong công nghiệp quân sự, mà còn được mở rộng đến các ngành công nghiệp khác như điện tử, quang học, vòng bi loại nhỏ, vi máy tính, phim cảm quang, thuốc thử hóa học tinh chất,… đóng vai trò thúc đẩy to lớn đối với khoa học kỹ thuật và phát triển công nghiệp lúc bấy giờ.
Sang đầu thập kỷ 70, trọng điểm xây dựng phòng sạch bắt đầu chuyển sang các ngành y tế, sản xuất thuốc, thực phẩm, sinh hóa. Ngoài Mỹ, các nước công nghiệp tiên tiến như Nhật Bản, Đức, Anh, Pháp, Thụy Sỹ, Liên Xô cũ, Hà Lan,.. đều vô cùng coi trọng và luôn ra sức phát triển kỹ thuật phòng sạch.